随着国际贸易自由化发展，输入食品已逐渐在民众饮食消费中扮演重要角色。“食药署”2014年度边境食品查验成果，共计查验616286批食品及相关产品，较2013年增长19.7%，检验不符合规定占抽样检验批数约1.4%，主要不合格的产品类别依序为生鲜冷藏冷冻蔬菜、水果及茶类产品，其主要不合格原因为农药残留不符合规定，不合格产品均办理退运或销毁，未进入至境内市场贩卖。
依据“食品安全卫生管理法”第30条，输入经卫生福利部公告的食品、食品添加物、食品器具、食品容器，应向“食药署”申请查验并申报产品有关信息。针对边境通关查验不合格的食品，均应依规定办理退运或销毁，同时，依照“食品及相关产品输入查验办法”规定，逐批查验最高可至100%抽验，并同时责令食品业者实施自主管理，确保食品卫生安全。
“食药署”自2011年起迄今，针对输入食品边境查验结果进行分析并制作年报手册，以了解当年度食品与相关产品输入风险的原因、产品种类和来源国等，通过年度统计与调查分析，期望能发现未来管理重点以及需调整改善之处，以供建构完善食品输入管理体系，维护民众饮食健康。